المطلب الثاني منهج الكتاب اتسم " كتاب الإخوان " لابن أبي الدنيا بجودة التصنيف ، وحسن الترتيب والتبويب ، فقد قسم نصوصهم الكتاب البالغة " 228 " نصا على ستة عشر باب ، وكان محتوى النصوص في كل باب مطابقا للباب الذي وضعها تحته مما يدل على مهارته وقدرته على التبويب والتصنيف ، فقد يعمل باب عاما ثم يتبعه بأخص منه لئلا يحشر النصوص في باب واحد كما فعل في الباب السابع والثامن ، فقال : " باب في زيارة الإخوان " ثم أتبعه ب‌ " باب في إغباب الزيارة " . وفى هذا أيضا دقة في التبويب وحسن اختيار لنصوص الأبواب .
كما اتسم أيضا بالوحدة الموضوعية فإنه لم يدخل في كتابه سوى الإخوانيات بيد أنه اقتصر في ذلك على الجانب الإيجابي المرغب في الإخوان وما يتعلق بذلك ، ولم يأخذ الجانب السلبي المؤدى إلى نفرة الإخوان وتغيرهم ، وذلك لأنه كان قد أفردها استقلالا في مصنف سماه : " تغير الإخوان " [1] ليحذر من المزالق المؤدية إلى ذلك .
والسمة الثالثة : إسناده النصوص النبوية والآثار إلى قائليها .
والسمة الرابعة : إيراده للحديث الذي تلقاه عن شيخين أو أكثر في قالب إسناده واحد ، وهي من الأساليب الفنية في صناعة الإسناد استعملها المحدثون الكبار - وبرزت بجلاء عند الإمام مسلم بن الحجاج صاحب الصحيح - سيما إذا أخرجوه من طريق واحدة كما في النصوص [1] و [19] و [37] و [65] و [88] و [102] . وإذا اختلفت ألفاظهم فإنه يصرح بأن هذا اللفظ لفلان كما في [14] .