داشت وبرخلاف پدرش ميرسيد شريف پيرو مذهب شيعي بود ، ميرزا محمد على شريفى ، ملقب به ( ميرزا مخدوم ) كه نوه ميرسيد شريف وپسر همين شمس الدين است سنى ناصبى بوده و كتاب ( نواقص الروافض ) را در رد شيعه ساخت ، وقاضي نور الله شوشتري كتاب ( مصائب النواصب ) ، وابو علي حائرى نيز كتاب ( عذاب النواصب ) را در رد همين ( نواقض الروافض ) نگاشتند . گويند : ميرزا مخدوم همان كسى است كه به اتفاق جمعى از گروه قلندريه بر پيرامون شاه اسماعيل صفوي ثانى ( م 985 ه‌ . ق ) گرد آمدند ، وبا انواع ترفند ونيرنگ ، أو را از مذهب اثنى عشرى روى گردان ساختند ، وسكه هائى را كه اسامى حضرات ائمه ( عليهم السلام ) بر آنها منقوش بود دگرگون ساختند .
چنين آورده اند كه شمس الدين محمد از پدرش سيد شريف - به هنگام مرگ أو - درخواست وصيتى كرد . پدر به أو گفت : ( بابا به حال خود باش ) ، وشمس الدين محمد ، مضمون اين سخن پدر را ضمن اشعاري به نظم درآورد :
مرا سيد شريف آن بحر زخار * كه رحمت بر روان پاك أو باد وصيت كرد وگفت ار زانكه خواهى * كه باشد در قيامت جان تو شاد چنان مستغرق احوال خود باش * كه از حال كسى نايد ترا ياد از آثار شمس الدين محمد جرجاني كتابهاى زير را ياد كرده اند :
( شرح هداية الحكمة للابهرى ) ، ( شرح إرشاد الهادى للتفتازانى ) در نحو ، ( شرح الفوائد الغياثية ) ، ( حاشية الطوالع ) ، ( الغرة ) ، ( الدرة ) در منطق ، ( زبدة الاسرار ) در حكمت ت : سده ء 9 ه‌ . ق .
اين كتاب در تجويد نگارش شده وراجع به ادغام صغير وكبير بحث مى كند ، ومحتواى آن در يك مقدمه ودو باب تنظيم شده است : مقدمه - در تعريف وشرائط ادغام . باب اول - در تعداد ادغام كبير مربوط به هر سوره به ترتيب آنهادر قرآن موجود . باب دوم - در ادغام صغير وانواع آن .
آغاز : بسمله ، الحمد لله الذي تفضل علينا بجزيل النعم ، وجعل أهل القرآن أهله وخاصته بالجود والكرم . .
انجام : . . والاخفاء حالة بين الاظهار والادغام ، ولابد من الغنة معه .
بنگريد به : فهرست مرعشى 2 / 307 . و : ريحانة الادب 6 / 215 و 217 و 246 . و : روضات الجنات ، ط سنگى 186 و 498 . و : هدية العارفين 2 / 189 . و : دائرة المعارف الاسلامية ، مقاله ء بروكلمان 6 / 334 . و : الاعلام ، زركلي 7 / 180 . و : اعلام الشيعة ، حسين على محفوظ . و : معجم المؤلفين 11 / 55 .