الشيخ ( رحمه الله ) : استقر نظري في هذه المسألة على الحلية واختار سيدنا بحر العلوم الحرمة ، فأحب أن تكتب ما ذكر فيها من الشهرة والإجماع وما ورد فيها من الأقوال وتورد فيها جميع ما ورد في تلك المسألة في الوسائل والوافي من الأخبار . قال الأمين العاملي ( رحمه الله ) : وجدت عليها تقريظ شيخه الشيخ حسين نجف وتقاريظ أخرى .
ومنها : " رسالة في المواسعة والمضايقة " كتبها بالتماس شيخه السيد صاحب الرياض .
ومنها : " حواش على الروضة " كتبها على المضاربة والوديعة والعارية والمزارعة والمساقاة وبعض الوصايا وتمام النكاح وبعض الطلاق .
ومنها : " شرح على الوافية " للفاضل التوني . قال الأمين العاملي ( رحمه الله ) : مجلدان أكبر من القوانين تام على الظاهر إلا قليلا ، بسط فيه الكلام وتعرض لأغلب كلمات الأساطين من الأصوليين والأخباريين المتقدمين منهم والمتأخرين ، وذكر فيه جميع ما وقع من المباحثة والمناظرة بين الشيخ الأكبر الشيخ جعفر والمحقق السيد محسن البغدادي في جريان أصل البراءة في أجزاء العبادات .
ومنها : " رسالة في مسألة الشك في الشرطية والجزئية في العبادات " وذكر فيها مباحثه التي وقع بينه وبين شيخه صاحب الرياض في ذلك .
ومنها : " رسالة في مناظرة أستاذه الشيخ جعفر والمحقق السيد محسن الكاظمي " جمع فيها مناظرتهما بتمامها وما تكاتبا به وفيها بعض ما كتبه الشيخ جعفر بيده .
ومنها : " حاشية صغيرة على أول تهذيب الأصول " للعلامة الحلي .
ومنها : " أوراق في مقدمة الواجب " علقها على المعالم .
ومنها : " رسالة في التجويد " .
ومنها : " رسالة في الرد على الأخباريين " نافعة جدا وقد قرظها المحقق البغدادي بعبارات بعضها : لا زلت موفقا لهداية الخلق وإرشاد الناس إلى الحق والكشف عن الخفايا والدلالة على الخبايا .

9