موطنه ومدفنه وكان الشيخ جعفر مكتفياً عن الحضور عندئذ لكن رجّح عنده الحضور لأُمور سامية جليلة » . قال السيد الخونساري : « وله الرواية أيضاً عنهم . . . وغير أُولئك من المشايخ الكابرين » . موطنه ومدفنه : ولد في النجف الأشرف سنة 1156 ه ، كما حكي عن : الحصون المنيعة ، لحفيده الشيخ علي ابن الشيخ محمد رضا . وقيل غير ذلك . وهي مسكنه ، وبها وفاته ومدفنه . فقد التحق بالرفيق الأعلى يوم الأربعاء قبل الظهر 22 / رجب / 1228 ه . ودفن في مقبرة أعدّها لنفسه ، وهي قطعة من ساحة كبيرة أُوقفت عليه ، وقد عمّر منها مقبرة ، ومسجداً محاذياً لها ، ومدرسة ، وهي مقبرة شهيرة تقع قرب داره الكبيرة في محلّة العمارة من محلاّت النجف . وأرّخ بعض الشعراء عام وفاته بقوله : ومذ ذقتً طعم الموت قلتُ مؤرّخاً * لعل حياتي بعد جعفر علقم وقد رثاه أعلام الشعر والأدب بقصائد كثيرة ، منهم : السيد إبراهيم البغدادي ، ومطلع قصيدته : خطب تكاد له السما تتفطر * والأرض ترجف والجبال تُسيّر والشيخ حمّود الظالمي ، ومطلع قصيدته : لم يشجني ذكر جيران بذي سَلَم * ولا جرى مدمعي شوقاً إلى أضم والشيخ حسن قفطان ، ومطلع قصيدته : فقدنا جعفراً والعلم حتى * كأن العلم كان له خيالا وتلميذه السيد علي الأمين العاملي ، وأوّل قصيدته : أتطلب دنياً بعد فقدك جفرا * وتطمع فيها أن تكون معمّرا وتركن للدهر الخؤون سفاهةً * وتغفل عمّا كنت تسمع أو ترى