واختار السيد الأمين عشرين تلميذا ( لعلهم أنشط تلاميذه في العلم والتأليف ) فذكر أسمائهم في أعيان الشيعة وهم : ( 1 ) السيد حسن ابن السيد حيدر الكركي ( 2 ) نظام الدين محمد القرشي صاحب نظام الأقوال في أحوال الرجال والظاهر أنه نظام بن حسين الساوجي الذي أتم الأبواب العشرين من الجامع العباسي بعد وفاة شيخه البهائي بأمر الشاه عباس الصفوي ( 3 ) الشيخ نجيب الدين علي بن محمد بن مكي العاملي الجبيلي ثم الجبعي ( 4 ) الفاضل الجواد البغدادي شارح الزبدة لشيخه المذكور ( 5 ) السيد ماجد البحراني ( 6 ) ملا محسن الفيض الكاشاني كما يظهر من مفتتح كتابه الوافي ( 7 ) السيد الميرزا رفيع الدين النائيني ( 8 ) المولى شريف الدين محمد الروي دشتي ( 9 ) المولى خليل بن غازي القزويني ( 10 ) المولى محمد صالح بن أحمد المازندراني ( 11 ) الشيخ زين الدين ابن الشيخ محمد ابن صاحب المعالم ( 12 ) المولى حسن علي ابن المولى عبد الله الشوشتري شيخ رواية المجلسي الأول محمد تقي ( 13 ) الشيخ محمد بن علي العاملي التنيني ( 14 ) المولى مظفر الدين علي الذي كتب رسالة في أحوال شيخه البهائي ( 15 ) الشيخ محمود بن حسام الدين الجزائري الذي يروي عنه الشيخ فخر الدين الطريحي صاحب مجمع البحرين ( 16 ) الشيخ زين الدين علي بن سليمان بن درويش بن حاتم القدمي البحراني وكان قبل تلمذته على البهائي يقرأ عند الشيخ محمد بن حسن رجب المقابي البحراني ولما رجع من خدمة البهائي جعل الشيخ محمد المذكور يقرأ عليه فعوتب على ذلك فقال إنه قد فاق علي وعلى غيري مما أكتبه من علم الحديث ، وفيه أيضا دلالة على فضل البهائي المكتسب منه ( 17 ) المجلسي الأول محمد تقي ( 18 ) الشيخ إبراهيم بن إبراهيم العاملي البازوري نزيل المشهد المقدس ( 19 ) الشيخ عبد اللطيف بن أبي جامع العاملي يروي عنه بالإجازة ويمكن أن يكون في الباقين هو كذلك .
ومن تلاميذه سلطان العلماء السيد حسين الحسيني المرعشي صاحب الحواشي على الروضة والمعالم وزير الشاه عباس وله منه إجازة ، صرح به في الرياض وجامع الرواة وغيرها ( أعيان الشيعة ج 9 ص 244 ) .

19