شخصيت علمى نائينى با آنكه استادش در قيد حيات بود ، تدريس رسمى آغاز كرد و شفتگان علم و دانش را بر گرد وجود خويش جمع نمود ، او در طى اين مدت طولانى ، با تلاش و كوشش فراوان توانست به مدارج عالى علمى و معنوى در رشته هاى مختلف فقه ، اصول ، كلام ، حكمت ، رياضى ، اخلاق و عرفان دست يابد . در عين حال تبحّر او در « اصول فقه » سبب شد كه به « مجدّد علم اصول » شهرت يابد . حوزهء درس اصول او به لحاظ « موشكافيهاى دقيق » و « غموض تحقيقاتش » امتياز خاصى پيدا كرد ، به طورى كه افراد مبتدى و متوسط در آن شركت نداشته و تنها صاحبنظران در آن حضور مىيافتند . [1] توانايى و مهارت او در تدريس و شاگرد پرورى سبب شد كه بتواند شاگردان برجستهء متعددى را تربيت نمايد .
محضر درس او را از بزرگترين مجالس درس و بحث در نجف اشرف شمرده‌اند . [2] سيد حسن بجنوردى ، شيخ محمد على كاظمى خراسانى ، شيخ موسى خوانسارى نجفى ، شيخ محمد تقى آملى ، سيد ابو القاسم خوئى ، شيخ احمد كاشف الغطاء ، شيخ محمد حسين كاشف الغطاء ، سيد جمال گلپايگانى ، سيد محمود شاهرودى ، سيد محسن حكيم ، علامه طباطبائى ، شيخ عبد الحسين حلَّى و سيد محمد هادى ميلانى از جمله شاگردان برجستهء او بودند . [3] او به گفتهء خودش از دو تن از فقهاى مشهور ، حاج ميرزا حسين طهرانى نجفى فرزند مرحوم ميرزا خليل و شيخ محمد طه نجف اجازهء نقل روايت داشت . [4]

[1] . همان ، ص 594 .
[2] . اعيان الشيعه ، ج 6 ، ص 55 .
[3] . ر . ك : اعيان الشيعه ، ج 6 ، ص 55 ؛ نقباء البشر ، ج 2 ، ص 593 .
[4] . ر . ك : ملا على خيابانى تبريزى ، علماء معاصرين ، ص 401 - 402 .

13