وفيما يلي نشير إلى بعض هذه المشاكل :
أولا - فقدان بعض الأوراق من الكتاب ، وقد أدى ذلك إلى عدم ارتباط بعض المطالب مع بعضها الآخر ، وقد أشرنا في هامش الكتاب إلى محل السقط أو احتماله .
ومما كان يزيد في المشكلة أنه ربما كتب الشيخ قدس سره في حاشية [1] الورقة المفقودة مطلبا كانت بقاياه في الأوراق الموجودة أو بالعكس ، ولم نتمكن من تحديد محل المطلب بالدقة ، بل وحتى لو حددناه وأدرجنا فيه المطلب لكان ناقصا ، ولذلك آثرنا في مثل هذه الحالة درج ذلك في هامش الكتاب .
ثانيا - إن الترتيب الذي كانت عليه النسخة الأصلية لم يكن صحيحا ، وقد حصل فيه تقديم وتأخير في عدد من الأوراق ، في الصفحة اليمنى من الورقة ( 131 ) ترتبط بالصفحة اليسرى من الورقة ( 136 ) من الكتاب والصفحة اليمنى من الورقة ( 136 ) ترتبط بالصفحة اليسرى من الورقة ( 139 ) والصفحة اليمنى من الورقة ( 139 ) ترتبط بالصفحة اليسرى من الورقة ( 131 ) .
هناك ورقة منفردة وضعت في آخر المجموعة بحث فيها حول حكم القاضي بعلمه ، أوردناها في البحث عن آداب القاضي .
هذا سوى ما جرت به عادة الشيخ قدس سره من حذف أو تغيير ما كتبه بالشطب الذي كان يؤدي إلى مشاكل عديدة ، كعدم تحديد المشطوب عليه ، أو ارجاع الضمائر وأسماء الإشارة أو الموصول إلى المشطوب بدل المكتوب

[1] والحواشي التي كان يكتبها الشيخ إنما كانت من متن الكتاب .

15