وتؤثر هذه المبيدات في الكائنات الدقيقة الموجودة في التربة الزراعية ، وينقسم العاملون في مجال وقاية النباتات إلى فريقين اثنين عند دراسة هذا التأثير ، حيث يعتقد فريق منهما أن المبيدات لا تؤثر بدرجة خطرة في هذه المجال ، وإنما أضرارها يسيرة ، ويمكن تحمّلها وإزالتها بسبب الأدوية ، ويرى الفريق الآخر أن وصول هذه المبيدات إلى التربة يؤثر في التوازن الموجود بين مكوّنات التربة الطبيعية والكيماوية ، وهو أمر يؤدي إلى تقليل خصوبة التربة الزراعية وانخفاض إنتاجيّتها . وقد أحدثت جميع المبيدات التي تمّ اختبارها تأثيرات ضارة في الكثير من الكائنات الدقيقة المفيدة التي تسهم في تكامل عناصر البيئة في التربة الزراعية ، وخاصة خلال الأسابيع الأربعة الأولى من رشّ المبيدات . كما وتبين أن المبيدات الحشرية الكيماوية تتسبّب في قتل الكثير من الأحياء الدقيقة التي تستوطن التربة ، والتي تسهم في تحليل المواد العضوية والمخلَّفات النباتية التي ينتج عنها العناصر الحية المكونة للتربة الزراعية ، فإن الكائنات الحية الدقيقة لها دورها المهم في التوازن الطبيعي للبيئة ، فهي تسهم في تنقية الماء في كثير من عوامل التلوث ، ذلك لأنها تساعد على الحفاظ على نسبة الأوكسجين الذائب في الماء . وقد حدث في « نيكاراغوا » أنه وقعت أكثر من « 3 آلاف » حالة تسمّم ، وما يربو على « 400 » حالة وفاة بين العمال الذين يعملون في حقول القطن سنويا على مدى عشر سنوات ، كما وحدثت حالات مماثلة في بعض دول أمريكا الوسطى حيث يزرع القطن على نحو تجاري . وفي الهند بلغت حالات التسمّم بالمبيدات نحو « 100 » حالة سنة 1378 ه « 1958 م » ونحو « 54 » حالة في سنة 1387 ه « 1967 م » ، وفي