فاستقل بعده بالإمامة والزعامة إلى أن وقعت الفتنة بين الفريقين سنة 448 واحترقت منها كتبه وكرسيه الذي كان يجلس عليه للكلام ، فهاجر وقتئذ إلى النجف الأشرف ، وصيرها مركزا للعلم وجامعة كبرى للشيعة الإمامية ، وعاصمة للدين الاسلامي والمذهب الجعفري ، لم يزل رحمه الله فيها مشغولا بالتدريس ، والتأليف ، وبث الأحكام الشرعية مدة اثنتي عشرة سنة حتى توفى ليلة الاثنين الثاني والعشرين من المحرم ودفن بوصية منه في داره التي حولت بعده مسجدا في موضعه اليوم حسب وصيته أيضا ، وهو مزار معروف يتبرك به الناس . له مؤلفات في مختلف العلوم والفنون . قيل في تاريخ وفاته :
وبكى له الشرع الشريف مؤرخا ( أبكى الهدى والدين فقد محمد ) .

392