سفره إلى مشهد - إلى إصفهان ، كان عالمها آنذاك حجة الاسلام الرشتي ، فأراد الشيخ أن يعرف المقام العلمي لحجة الاسلام الرشتي ، فذهب إلى مجلس درسه ، وفي الدرس ألقى حجة الاسلام الرشتي إشكالا على تلاميذه وطلب منهم الجواب ، فلما سمع الشيخ الاشكال لقن الجواب لبعض من كان بجنبه ، فذهب هذا الشخص وذكر الجواب لأستاذه ، فبادر الأستاذ قائلا : هذا الجواب ليس لك ، وقائل هذا الجواب صاحب مراتب عالية من العلوم ، ثم قال : صاحب هذا الجواب إما الحجة ابن الحسن عجل الله فرجه أو الشيخ مرتضى النجفي ، فقال التلميذ : إنه للشيخ مرتضى النجفي ، فأرسل حجة الاسلام الرشتي بسرعة أشخاص ليعثروا على مكان الشيخ الأنصاري ، فلما وجدوه في بعض الأماكن المعدة للزوار وأخبروه بأن الرشتي قادم لزيارته خرج هو أيضا لزيارته ، فالتقيا في الطريق . . .
وفي سفر الشيخ أيضا إلى مشهد لما وصل إلى كاشان وبقي فيها أربع سنوات ليستفيد من الملا أحمد النراقي ، قال الشيخ النراقي عندما أراد الشيخ مفارقته :
استفادتي من هذا الشاب - أي : الشيخ الأنصاري - أكثر من إفادتي له .
وبعد الأسفار الطويلة التي كانت للشيخ أستقر في النجف ليستفيد من علمائها ، فحضر درس الشيخ علي بن الشيخ جعفر كاشف الغطاء ، ودرس الشيخ محمد حسن صاحب الجواهر ، والشيخ علي كاشف الغطاء هو آخر أستاذ درس عنده الشيخ الأنصاري ، ومن بعده لم يدرس على أحد ، بل كانت له حوزة مستقلة عامرة يدرس فيها .
ولما توفي الشيخ علي كاشف الغطاء كانت زعامة الشيعة بيد الشيخ حسن كاشف الغطاء أخي الشيخ علي ، والشيخ محمد حسن صاحب الجواهر .
وبعد وفاة الشيخ حسن كاشف الغطاء عام 1262 ه‌ اختصت المرجعية بالشيخ محمد حسن صاحب الجواهر .
وفي سنة 1266 ه‌ مرض صاحب الجواهر ، فأمر بتشكيل مجلس يحوي جميع العلماء ، فلما حضر جميع العلماء عنده قال صاحب الجواهر : أين الشيخ مرتضى ، ثم أمر

17