تعيين مرجع توسط ميرزاى قمى پس از وفات آيت الله شيخ موسى كاشف الغطاء ( به سال 1241 ) ، اختلاف و درگيرى سختى بر سر تعيين مرجع تقليد بين علما و مردم به وجود آمد . وعده نسبتا زيادى از علماء براى مرجعيت و تصدى زعامت كانديد بودند ، كه از اين ميان دو نفر بيش از ديگران طرفدار داشتند . يكى شيخ على كاشف الغطاء ( م 1254 ) بود ، و ديگرى شيخ محمد حسن نجفى صاحب جواهر .
اتفاقا ، در همان وقت ميرزاى قمى جهت زيارت اعتاب مقدسه راهى عراق شده و براى زيارت مولى امير المؤمنين ( ع ) وارد نجف شد . با ورود ميرزاى قمى در اين موقعيت حساس به نجف اشرف ، شور و نشاطى در دل علما و مردم پيدا شد ، و از او استقبال نمودند و همگان بر آن شدند كه براى رفع اختلاف و تعيين تكليف ، ميرزاى قمى را حكم قرار دهند ، و هر كس را كه او به عنوان مرجع معرفى نمود ، بىچون و چرا به پذيرند .
ميرزا اين داورى را پذيرفت ، به شرط آن كه چند روزى به او فرصت دهند تا او اشخاص مورد نظر را دقيقا امتحان كند و آنگاه نظر خود را اعلام نمايد .
ميرزاى قمى ، چند مسأله مهم فقهى را از اشخاص منظور كتبا استفسار نمود و آنها پاسخ دادند . ميرزا پس از تأمل و دقت كافى در پاسخنامه‌ها ، شيخ على كاشف الغطاء را افضل و اعلم شناخت . از اين رو جلسه اى خصوصى با حضور فضلا و علماى نجف ترتيب داد و نظر خود را - با توجه به جوابهايى كه از آقايان دريافت داشته بود - اظهار كرد . نظر ميرزا مورد تأييد حاضران قرار گرفت ، ولى براى اطلاع همگان ، مقرر شد ميرزاى قمى در روز معينى در صحن مطهر حضرت امير ( ع ) رأى و نظر خود را اعلام نمايد . روز موعود فرا رسيد . جمعيت انبوهى از علماء و اقشار مختلف مردم ، در صحن مطهر امير المؤمنين ( ع ) براى استماع رأى نهايى گرد آمدند ، ميرزاى قمى پس از ايراد بيانات لازم ، اصلحيت شيخ على كاشف الغطاء را براى مردم تشريح كرد .
بدين ترتيب ، جملگى او را به اعلميت و مرجعيت پذيرفتند . و اختلاف و تشتت آراء پايان يافت .
گويند چند روز كه از اين ماجرا گذشت ، صاحب جواهر به يكى از علما كه در جلسه تعيين مرجع شركت كرده بود - برخورد مىكند و به طنز مىگويد : « ما فعلت سقيفتكم :

313