راهنماى استفاده از توضيح المسائل مراجع 1 متن اصلى اين توضيح المسائل ، رسالهء قائد عظيم الشأن اسلام حضرت امام خمينى " قدس سره الشريف " است . و در هر موردى كه عبارت رسالهء يكى از مراجع متوفَّى " 1 " يا حاضر " 2 " با رسالهء امام مغاير باشد ، روى همان مورد شماره‌اى قرار گرفته و در پاورقى طبق همان شماره عبارتِ مغاير ( با حروف ريزتر ) ذكر شده است .
بنا بر اين اگر در پاورقى هر مسأله عبارت مغايرى از مراجع تقليد نقل نشده باشد به معناى آن است كه نظر او با متن اصلى موافق بوده است .
2 در هر مسأله‌اى كه يكى از مراجع معظم مطلبى اضافه بر متن اصلى يا جمله‌اى مغاير با آن داشته باشند در محل مورد نظر شماره‌اى گذاشته شده و مطلب اضافه يا جمله مغاير در پاورقى ذكر شده و سپس نقطه چين شده است ( . . ) يعنى بايد خواننده پس از مطالعه پاورقى به متن اصلى برگردد .
3 در هر مسأله‌اى كه فتواى يكى از مراجع با قسمتى از متن اصلى موافق ولى با بقيهء آن مغاير باشد در پايان همان قسمت شماره‌اى گذاشته شده و بقيهء نظر آن مرجع در پاورقى درج گرديده و سپس نقطه پايان يا عبارت [ پايان مسأله ] آمده است . يعنى مقلد آن مرجع پس از مطالعه پاورقى نبايد به متن اصلى برگردد .
4 اگر مسأله‌اى در متن اصلى آمده ولى در رسالهء يكى از مراجع عظام نيامده ، پس از پايان متن اصلى ، تذكر داده شده است .

" 1 " يعنى آيات عظام : خوئى ، گلپايگانى و اراكى " قدس سرّهم " . " 2 " يعنى آيات عظام : فاضل لنكرانى ، بهجت ، خامنه‌اى ، تبريزى ، شبيرى زنجانى ، مكارم شيرازى ، نورى همدانى ، سيستانى و صافى گلپايگانى " مد ظلَّهم " .

7