في ازدياد نفوذ السيّد باستمرار بقائه هناك .
وصمّمَ على العودة إلى بُروجِرد لكن في طريق العودة زارَ مدينة قُم التي كانت يومذاك تحتَ زعامة مؤسّس حوزتها وكبير زعمائها آية الله الشيخ عبد الكريم الحائريّ ( المتوفى 1355 ه‌ ) الذي قام باستقبالٍ حارٍّ للسيّد ، وطلب منه البقاء في قم ، حيث انّ الحائري كان يسعى بقوّة دعمَ الحوزة وملئها بالعناصر النشطة والبارزة لتركيزها وازدهارها .
فأقامَ السيّد هناك ، وبدأ بالتدريس والبحث ، مدّة خمسة اشهر كان نجمُهُ فيها يتألّقُ ، لكنّ الحكومةَ لم يَرُقْ لها ذلك ، فكانتْ تُدبّرُ المؤامراتِ وتحيكها ، لانتقال السيّد إلى بُروجِرد ، تاركاً قُم أمله ومأْمَنَهُ التي سيعود إليها بعد سبعة عشر عاماً ( 1364 ه . ) .
فاضطرَ السيّد إلى العودة إلى بُروجِرد بعد فراقٍ طال ما يقارب الثلاث سنوات ( 1345 - 1348 ه‌ ) ليستمرّ في اعماله العلميّة والإرشادية .
وقد اشتهر فضلُ السيّد وفقاهته على أثر الهجرة الطويلة تلك وذاع اسمه وطار صيته بين الأعلام ، وفي سنة 1355 ه‌ . حيث توفّي الشيخ الحائري في قُم اتّجهت انظار الكثيرين إليه وقد ارجعَ إليه المرجع العامّ للشيعة في ذلك العصر السيّد أبو الحسن الأصفهانيّ في احتياطاته ، فنشرتْ لأوّل مرّةٍ حاشيته على العروة الوثقى سنة 1355 ه‌ . تلك التي كشفتْ عن أبعاد علميّة متميّزة ، ممّا زاد في سعة شهرة فقاهة السيّد وعظمته العلميّة .
وممّا يجدر ذكره انّ السيّد بالرغم من اشتهار علميّته ، ورجوع كثيرٍ من الناس إليه ، فقد كان يُحافظ على سمعة الزعامة العُليا للشيعة المتمثّلة في مرجعيّة السيّد أبو الحسن الأصفهاني ، ويتبلور ذلك في جوابه عن السؤال الذي وُجِّهَ إليه وهو في بُروجِرد حول تعيين الشخص الذي يتّسم بالأعلميّة حيث قال :
إنّ راية الإسلام في هذا العصر على عاتق سماحة آية الله الحاجّ السيّد أبو الحسن الأصفهانيّ ، ومع وجود حضرته فلا موضع لمثل هذا السؤال .

24