وفي المنطق : يدرس كثيرون كتاب المنطق للمظفر ، ويدرسون معه أو بدله حاشية ملا عبد الله اليزدي على تهذيب المنطق لسعد الدين التفتازاني ( ت 792 ) . وشرح الرسالة الشمسية : لقطب الدين الرازي ( ت : 766 ه - ) . وفي الفقه ما زالت الكتب السائدة في المنهج بدون منافس : كتاب شرح اللمعة الدمشقية للشهيدين ، وكتاب شرائع الإسلام للمحقق الحلي ، وكتاب المكاسب للشيخ الأنصاري ( رحمه الله ) . أما في أصول الفقه ، فما زال كتاب الكفاية للمحقق الخراساني ، وكتاب فرائد الأصول المعروف باسم الرسائل للشيخ الأنصاري ، هما السائدان ويدرس بعضهم كتاب السيد الصدر ( رحمه الله ) ، المعروف بالحلقات . والنتيجة : أن الكتاب الدراسي في الحوزة يخضع إلى حد كبير لقانون الانتخاب الطبيعي ، ويجب أن يبقى خاضعاً لهذا القانون ، وأن يترك اختيار الكتاب إلى الطالب والأستاذ ، ولا يفرض عليهما كما تفعل بعض المدارس . فالكتب المقررة في منهج الحوزة ليست قرآناً منزلاً ، لكن لا يجوز الاستعجال في استبدالها ، فإن العاقل لا يترك كتاباً أثبت جدارته وربى أجيالاً من العلماء ، إلى كتاب بديل لم يثبت نجاحه ! إن تحديث مناهج الحوزة واستبدال الكتب المقررة ، مبدأٌ مُهِمٌّ يتناسب مع طبيعة مذهبنا في فتح باب الإجتهاد وعدم جواز إغلاقه . لكن لا بد أن يوضع لبابه المفتوح شروط ، كما أن للاجتهاد شروطاً .