ومن حماقة عبد السلام أنه لم يكتف بعدائه للشيعة ، حتى فتح جبهة الحرب على عبد الناصر ، عندما رفض اتخاذ خطوات في الوحدة ، بحجة أنها تحتاج إلى دراسات عميقة ومفصلة ، فغضب عليه عبد الناصر ! وزاد من غضبه أن عبد السلام انتقد حكم عبد الناصر على سيد قطب بالإعدام سنة 1964 ، وطالبه بإطلاقه ، وأرسل إليه وفداً وزارياً برئاسة شيت خطاب ليتابع ذلك ، فاضطر عبد الناصر لإطلاق سيد قطب ، لكنه بعد أن أطاح بعبد السلام ، اعتقله وأعدمه ! ففي 13 نيسان من سنة 1966 ، كان عبد السلام في طائرة مروحية بين البصرة والعمارة ، فسقطت به وقتل ، وقال بيان حكومة إنها سقطت بسبب عاصفة رملية ، وقال بعضهم كانت السماء صافية ، ولم تكن أي عاصفة ، وكانت الطائرة روسية ، والمتهم عندهم المخابرات المصرية . وما أن قتل عبد السلام حتى وصل إلى العراق المشير عبد الحكيم عامر ، مبعوثاً من عبد الناصر ليرتب وضع العراق ، فقام بجمع مجلس الوزراء ومجلس الدفاع الأعلى لانتخاب رئيس ، وكان الأمر يدور بين العقيلي الشيعي رئيس الفرقة الأولى في الجيش ، وبين عبد الرحمن البزاز رجل بريطانيا ، وبين عبد الرحمن عارف الضعيف المقبول من مصر . فرتبوا الأمر لعبد الرحمن وأعلنوه رئيساً للجمهورية بعد أخيه .