الجرح والتعديل لما ذكروه وتطبيقه بالذوق العرفي ، ثم يستعرض أهم الآراء لكبار الفقهاء ويتناولها بالفحص والنقد العلمي ، ثم يأتي بالأدلة الفقهية من الآيات والأحاديث ويسندها بما يؤدي اليه نظره ، ويستخرج بالتالي فتواه غير مشوبة بالضعف على الأغلب . وبهذه الطريقة المتأنية يدلنا على تمكنه من الاجتهاد ويعرفنا الطريقة الصحيحة للاستنباط . وفاته : توفي شيخنا صاحب الترجمة وقت الزوال من يوم الجمعة منتصف شهر شوال لسنة 1248 بإصبهان ، وصلى عليه الشيخ محمد إبراهيم الكلباسي أو السيد محمد باقر حجة الاسلام الشفتي ، واقتدى في الصلاة جماعة كبيرة من العلماء وبقية الناس . دفن في المقبرة المعروفة ب " تخت فولاد " وأقبر في " بقعة مادر شاهزاده " التي عرفت بعد ذلك عند بعض المؤرخين " بقعة الشيخ محمد تقي " . أبنه جماعة من الأدباء ورثاه جملة من الشعراء وأرخوا وفاته بالعربية والفارسية ، منها قصيدة تلميذه ميرزا محمد باقر الخوانساري التي يقول فيها : يا للذي أضحى تقيا نهتدي * بهداه كالبدر المنير الأوقد أسفا لفقد إمامنا الحبر الذي * حتى الزمان لمثله لم نفقد أسفا عليه وليس يعقوب الأسى * في مثل يوسف هجره بمفند لهفي على من لا يفي لثنائه * رفش الأجام على مجال القدقد العلم أمسى بعده مترحلا * والشرع لم ير بعده بمؤيد مهما أخال زحام حلقة درسه * ينشق قلبي من شديد تجلدي وا حسرتا أهل المدارس إذ جنت * أيدي الحوادث في إمام المسجد وا كربتاه لمسلمي هذي الحمى * من ثلمة الاسلام في المتجدد من ثلمة لا يسددن وبددت * شمل الفضائل والعلى والسؤدد