الدليل الفقهي كان مدار أبحاثه حول الدليل نفسه وأقسامه من السمعي و العقلي ، وعوارضه الثبوتية كالاطلاق والتقييد والتعادل والتراجيح والتضاد و التلازم والاثباتية كمباحث الأوامر والنواهي والعام والخاص والمنطوق والمفهوم .
وهناك اعتراضان مهمان على طريقة المنهج القدمائي ، الأول : هو الاعتراض على القسم المدون في أصول القدماء للبحث عن الدليل وأقسامه ، حيث أبدله الشيخ الأنصاري بتصنيف علم الأصول على طبق الحالات الوجدانية للمكلف عند التفاته للحكم الشرعي وهي القطع والظن والشك ، فهنا أقسام :
1 - بحث القطع التفصيلي والاجمالي .
2 - بحث الظن المعتبر وغيره بما يشمل سائر الظنون ، و منها الظواهر المبحوث عنها من حيث الكبرى وهي حجية الظهور ومن حيث الصغرى وهي تنقيح المصاديق كمباحث الألفاظ السابق ذكرها ، ويدخل في ذلك بحث التعادل والتراجيح أيضا فإنه راجع للبحث عن الظنون أيضا وإن ذكر في الخاتمة ، فإن الدليلين إذا تقابلا فإما أن يحصل الظن بأحدهما من حيث الجهة أو الصدور أو المضمون وهذا هو الترجيح ، وإما أن لا يحصل الظن بشئ من ذلك وهو التعادل المرتبط بحثه بباب الظن سواء قلنا بالتخيير عند التكافؤ ، أو قلنا بالتساقط .
3 - بحث الشك الذي يشتمل على الأصول العملية الأربعة لكونها وظيفة الشاك . ولعل النكتة التي دفعت بالشيخ الأعظم لاختيار هذا التبويب تتلخص في أمور :
أ - إن علم الأصول مقدمة لعلم الفقه ومن الطبيعي عدم امكان تحديد ملامح المقدمة الا بمعرفة ملامح ذي المقدمة فإن ذلك مقتضى مقدميتها .

32