أوّلاً: معرفة أنّ الآية محكمة أو متشابهة، وإذا كانت متشابهة فما هي الآية المحكمة التي ترجع إليها في تفسيرها أو تأويلها.

ثانياً: معرفة هل أنّ الآية ناسخة أو منسوخة، وإذا كانت منسوخة فما هي الآية الناسخة لها.

ثالثاً: معرفة السياق الّذي جاءت فيه الآية.

رابعاً: بحث الآيات المشابهة لها في اللفظ والموضوع.

خامساً: بحث الآيات المخالفة لها ظاهراً في اللفظ أو المحتوى، وهو في الحقيقة تفسير موضوعي للقرائن لازم لكُل آية حتى في التفسير الترتيبي.

الخطوة الثانية: بحث القرآئن خارج النص القرآني، وتجري كالتالي:

أوّلاً: بحث أحاديث النَّبيّ الأكرم محمّد صلى الله عليه وآله وسلم وأهل البيت المعصومين عليهم السلام المؤثّرة في تفسير الآية.

ثانياً: بحث البراهين العقليّة المؤثّرة في تفسير الآية.

ثالثاً: بحث العلوم التجربيّة القطعيّة المؤثّرة في تفسير الآية.

وفي هذه المرحلة يلزم الاستفادة القصوى من الأَساليب التفسيريّة، كتفسير القرآن بالقرآن، والرواية، والعقل، والعلم؛