توفي شيخنا الكليني - كما يقول النجاشي - ببغداد سنة 329 هـ. سنة تناثر
النجوم([203])،
وتاريخ وفاته عند الشيخ الطوسي - سنة ([204])328، ثم
وافق النجاشي فذكر أنه مات في سنة 329 كما في كتاب الرجال الذي ألفه فيما بعد([205]).
وقال السيد رضي الدين ابن طاووس: وهذا الشيخ محمد بن يعقوب كان حياته
في زمن وكلاء المهدي عليه السلام - عثمان بن سعيد العمري، وولده أبي جعفر محمد
وأبي القاسم حسين بن روح، وعلي بن محمد السمري - وتوفي محمد بن يعقوب قبل وفاة علي
بن محمد السمري، لأن علي بن محمد السمري توفي في شعبان سنة 329 هـ وهذا محمد بن
يعقوب الكليني توفي ببغداد سنة 328 هـ)، وذكر الحافظ ابن ماكولا([206])،
وابن الأثير([207]). وابن حجر أنه